Selama setengah abad ini, Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar terlihat secara aktif memberikan warna dalam proses dan dinamik pembangunan masyarakat Indonesia. Tidak kurang daripada 7,000 alumni telah didedikasikan pesantren ini kepada masyarakat, yang datang dan tersebar di seluruh pelosok nusantara dengan segenap profesi dan bidang garapan. Di antara mereka ada yang bekerja sebagai guru, pensyarah, wartawan, praksi undang-undang, entrepreneur, dan ahli politik.[6] Berikut ini adalah beberapa alumni Pondok Pesantren Wali Songo:

• Hidayat Nur Wahid, Mantan Ketua MPR RI
• Abdul Rahman Mohammad Fachir, Duta Republik Indonesia di Republik Arab Mesir

Organisasi yang mewadahi alumni dan keluarga besar Pondok Pesantren Wali Songo adalah:

• KBAPWS (Keluarga Besar Alumni Pondok Pesantren Wali Songo)
• IKAPWS (Ikatan Keluarga Alumni Pondok Pesantren Wali Songo)